クラッシュします

ffmpeg.exeのリビジョンは9133をお使いでしょうか？
もしそうでないなら、9133を設定お願いします。

akJBetasはWindows 2000上では動作はする可能性は低いのですが
akJBetasがffmpeg.exe いずれかがクラッシュの原因になっていると思います。

akJBetasが原因でしたら解決方法はあります。
akJBetasはウインドウ/設定/ログに、ffmpeg.exeの変換コマンドを表示します。
このコマンドをどうにかクラッシュ前に、コピーします。

あとは、このコマンドを、MS-DOSを開いて、貼り付けて実行するとakjBetasを経由せずに、ffmpeg.exeで変換できます。

ニコニコ高画質の設定貼っておきます。以下三カ所書き換えると動くと思います。
"C:\ffmpegのフォルダー\ffmpeg.exe"
"C:\入力.flv"
"C:\出力.mp4"
-----------------
"C:\ffmpegのフォルダー\ffmpeg.exe" "-y" "-i" "C:\入力.flv" "-f" "psp" "-acodec" "aac" "-ar" "48000" "-ab" "128k" "-ac" "2" "-vcodec" "h264" "-r" "29.97" "-b" "760k" "-s" "368x272" "-flags" "bitexact" "-maxrate" "4000k" "-bufsize" "4000k" "-level" "30" "-coder" "1" "-refs" "3" "-loop" "1" "-deblockalpha" "0" "-deblockbeta" "0" "-parti4x4" "1" "-partp8x8" "1" "-partb8x8" "1" "-me" "umh" "-subq" "6" "-brdo" "1" "-me_range" "21" "-chroma" "1" "-slice" "2" "-g" "250" "-keyint_min" "25" "-sc_threshold" "40" "-rc_eq" "blurCplx^(1-qComp)" "-qcomp" "0.60" "-qmin" "7" "-qmax" "35" "C:\出力.mp4"

一応普通にakj-betasでできました。FFmpeg.exeを9133にしてみたおかげですかね。
運みたいなものだと思って頑張ってますｗ

MS-DOSに貼り付けた時に途中までしか貼られなかったんですが、これはなんでですかね？

h264(PSP)変換が、問題なくできるffmpeg.exeは9133と9017の変だったと思います。
なぜか、それ以降のリビジョンは、少なくても私のパソコン(XP)では、h264(PSP)変換をしようとすると、ffmpeg.exeクラッシュします。

akJBetasのwindows2000の動作は本当に運しだいの部分があります。
残念ながらクラッシュする時があると思いますが、気にしないでください。

貼り付けがうまくいかない原因は不明、一度メモ帳にでも、貼り付けて、そこから再度試してみてください。