ログ付きの書き込みありがとうございます。

どのファイルもダメとありますが
Youtubeのファイルなども変換できないのでしょうか？
（
一度試してみてください
akJ BetasでYoutubeダウンロード
）

後試せることは

(1)FFMpegをRev 12939のFFMpegにする
これは新しいながら安定しています。

(2)別の変換設定を試してみる
ログを見るとPSPのXvidになっておりますので、これはあまり実績がないので
他のH.264のものを試してみてください。
あと試しに、音声も48khzのステレオを選んでみてください。

(3)akJ 0.6.9.4にしてみる
それでもログにあまり変化がないようでしたら
以下リンクよりバージョンをあげてみてください。
http://akj.lib.net/node/1402#comment-3724

このバージョンですと Rev.14094 というかなり新しいFFMpegを試せます。
http://blog.k-tai-douga.com/article/16703436.html

もしどれもダメでしたら、
ドロップFFMpeg
で一度 別の形式に変換できるか試してみてください。